普外科
徐医附院普外科拥有床位106张，分为肝胆外科、胃肠外科、乳房甲状腺外科和肿瘤外科。现有高级职称者16人，全科拥有博士学位8人，硕士学位16人。
肝胆外科在肝癌肝切除、胆道疾病的微创手术、复杂胆道手术、肝门部胆管癌切除、胰腺癌切除、重症胰腺炎、肝硬化伴上消化道大出血救治等方面均达到了省内先进水平，部分达国内先进水平。2001年和2002年分别为2名严重肝硬化病人成功施行了肝移植术。1995年引入腹腔镜技术，已顺利完成胆囊切除、肝囊肿手术、肾上腺切除等10余种新手术1000余例。胰腺外科积极引进和应用国内外先进技术，如捆绑式/荷包包埋式胰－肠吻合，极大提高了手术的质量和安全性。
胃肠外科在胃癌、直肠癌的手术治疗方面取得了重大进展，先后完成了全盆腔清扫术、后盆腔清扫术、经肛门直肠癌局部切除术800余例，使直肠癌的保肛率由5年前的17%提高到现在的45%，极大改善了病人的生活质量。
乳房甲状腺外科积极开展乳癌的综合治疗，于省内较早采用各种简化根治和保乳手术，配合术后放疗、化疗，在保证根治的前提下，又较好地满足了病人对审美的要求。
泌尿外科
徐医附院泌尿外科是江苏省医学重点学科培育点共建单位、江苏省临床重点专科。2006年成为省临床医学领域省高校科技创新团队。现为省泌尿外科副主任单位、省器官移植副主任单位。
科室现有医生16人，4人具有博士学位，12人具有硕士学位。其中教授、主任医师4人，副教授、副主任医师5人，博士生导师1人，硕士生导师5人。该科在省内开展小儿尿道疾病电切术，在国内具有较大影响，获得过省医学新技术引进奖。1991年在苏北地区率先开展异体肾移植术，已完成300余例，成功率达国内先进水平。2002年全面开展腹腔镜手术治疗泌尿系统疾病，达国内先进水平。在肾癌生物治疗、肾脏移植耐受、尿石症成石病因研究方面达到省内领先、国内先进水平。近5年先后承担国家自然科学基金项目6项，“863”子课题1项，卫生部课题1项，省厅级课题34项，省科技进步三等奖3项，省卫生厅新技术引进一等奖1项、二等奖1项。
特色技术：1、全膀胱切除+肠道应用尿流改道2、肾癌根治+区域淋巴结清扫3、微创泌尿外科手术4、经尿道前列腺剜除电切术5、复杂性尿狭窄、尿瘘修补术。
胸心外科
徐医附院胸心外科是江苏省重点（外科学）学科、江苏省临床重点专科、徐州市重点临床专科及徐州医学院心血管病研究所成员单位。
现有床位50张，重症监护病床5张，医护人员28人。其中，医师13人，3人获博士学位，6人获硕士学位，其中，教授2名、主任医师3名，副主任医师5名专科具备开展胸心血管外科手术所需的人工体外循环机，多功能心脏监护系统、呼吸机、胸腔镜，主动脉球囊反搏仪等专用先进医疗设备。
2002年，在苏北地区率先完成2例同种异体心脏移植手术，在食管、肺、气管及纵隔外科领域专业技术先进，在复杂先心病矫治、心脏瓣膜替换、冠状动脉外科等领域，专业技术处省内先进水平，其中，微创胸心外科技术具备较高的区域优势。胸心外科是硕士学位授予点和博士培养点，现有博士生导师1名，硕士生导师3名。先后主持国家自然科学基金及省厅级科研资助课题12项，获省科技进步三等奖、市科技进步一，二及三等奖4项，省医学新技术引进奖3项及市医学新技术奖1项。
特色技术：1、复杂先天性心脏畸形矫治2、瓣膜替换及成形3、冠状动脉外科4、微创胸心外科技术5、复杂肺、气管肿瘤切除及气管成形
神经外科
徐医附院神经外科是江苏省“科教兴卫工程”神经外科学重点学科、江苏省临床重点专科徐淮地区先创立的神经外科专业，为江苏省重点学科、江苏省临床重点专科、徐州市重点学科，国家级“青年文明号”，是硕士学位授予点和博士培育点，拥有神经外科专用实验室。拥有合理的人才梯队，有专科医生30人，主管技师2人，技师2人，其中博士7人，硕士20人。
该科现有床位85张，每年手术台次1300余台，在江苏省同专业床位数和手术台次均名列前茅，在淮海经济区享有盛誉，成为神经外科疾病治疗的中心。该科近年来取得省科技进步二等奖1项，省新技术引进奖一等奖3项、二等奖1项，市新技术引进奖一等奖、二等奖2项。《CTA在神经外科疾病中的应用》在全国开展早，获省新技术引进奖一等奖。
该科胶质瘤基因治疗的基础研究方面处于国内领先水平，“人脑胶质瘤HIF-1α的克隆”获2000年中国十大基础研究科技新闻提名奖。先后承担国家级课题5项、省级课题14项。
特色技术：1、后循环动脉瘤手术2、听神经瘤切除术3、髓内肿瘤切除术4、各种不同先天性畸形手术5、各种不同类型高血压脑出血手术。
骨科
徐州医科大学附属医院骨科始建于1956年，为江苏省临床重点专科、骨科硕士、博士学位授权点、江苏省住院医师规范化和专科医师规范化培训基地、国家药物临床试验基地、江苏省骨质疏松诊疗基地。
徐医附院骨科现有医生62人，其中医学博士26人，博士后2人。教授3人，副教授7人，主任医师8人，副主任医师14人。江苏省医学会骨科分会副主任委员1人、委员1人、青年委员1人。江苏省医学重点人才1人、“六大高峰”人才3人、省333人才2人。徐医附院骨科分为脊柱外科、关节外科、创伤骨科、手外科等四个亚专科，共四个病区，270张床位，年门诊量10万余人次，手术量9000余例，处于淮海经济区中心位置，服务于苏鲁豫皖交界区1.2亿人口。
近五年来，徐医附院骨科在激素性股骨头坏死、颈腰椎退变性疾病、三维打印技术骨组织工程、骨折的微创治疗等方面进行了深入研究，先后主持及合作参研卫生部、国家自然科学基金及省市课题30余项。获得省市科技进步奖、新技术引进奖8项、国家专利三十余项。在国内外专业学术刊物发表论文两百余篇。每年培养研究生近30名，进修生50余人，为本地区及国内外输送了大量的骨科人才。每年定期邀请美国、英国、法国等国专家讲学并积极支持科室医师参与国际交流。
特色技术：
以微创理念治疗骨干骨折、关节内骨折、骨盆骨折脊柱显微镜下微创减压术、椎间孔镜微创治疗、脊柱肿瘤切除en bloc重建术、脊柱畸形个性化矫正等骨关节疾病的关节镜下微创治疗全髋关节、膝关节、肩关节及四肢小关节置换臂丛神经损伤的治疗；断肢再植；高选择性脊神经后根切断治疗脑瘫后遗症等股骨头坏死、小儿先天性髋关节发育不良等骨病的综合治疗恶性骨肿瘤的综合治疗及保肢治疗等。
儿外科
徐医附院小儿外科成立于1984年。现有医师5人，其中主任医师2人，副主任医师、主治医师、住院医师各1人。
徐医附院小儿外科主要以手术诊治新生儿至14岁以下儿童的各系统先天性畸形、外伤、肿瘤、感染等各类外科疾病。年完成小儿外科手术500余例，年门诊量约2000余人次。
徐医附院小儿外科承担徐州医学院各层次外科部分章节的理论教学工作。曾完成市科研课题2项，获省新技术引进二等奖1项，获市科技进步奖2项。
特色技术：1、小切口，不缝合治疗小儿鞘状突未闭畸形(疝气及鞘膜积液),创伤小，住院时间短，外观好，不留疤痕2、小儿血管瘤，淋巴管瘤的非手术治3、少女外科门诊：开展少女乳房、肛门及会阴部疾病和发育异常的诊治。
烧伤整形外科
徐医附院烧伤整形外科是一个集医疗、教学和科研为一体的二级临床专业科室，以诊治烧伤和整形疾病为主。从成立至今，该科成功救治了数十例烧伤面积大于百分之八十的病员和烧伤后严重瘢痕畸形的病员；同时开展了巨乳缩小和假体隆乳术，缺损器官如眼睑、耳、鼻、乳房、阴茎等器官缺损的修复和再造，各种原因引起的皮肤缺损和体表肿瘤等治疗。
该科还承担教学和科研工作，在中华整形烧伤外科杂志和省级杂志上发表论文数篇，多次参与并完成国家药品评价中心新药临床评价工作。
特色技术：1、烧烫伤、化学烧伤、电击伤、皮肤软组织外伤等诊疗2、先天性畸形和疾病所致畸形诊疗3、各种原因引起的瘢痕畸形、功能障碍，瘢痕疙瘩综合治疗，采用手术、药物、射线去除难治性瘢痕疙瘩4、创伤所致浅表器官缺损的修复和再造，如瘢痕、眼、睑、耳、鼻、 乳房、阴茎等修复和再造5、皮肤缺损、慢性溃疡和体表肿瘤等治疗6、眼睑、耳、鼻、乳房、阴茎等整形。
